Bireysel Emeklilik Sistemi'nde katılımcıların ödedikleri katkı payları, sözleşmelerinde belirlenen oranlarda seçtiği ya da planlarında tanımlı emeklilik yatırım fonlarına yatırılır. Yatırım fonlarında olduğu gibi, katılımcının parasıyla adet bazında fon alınır. Fon, alım bilgilerinin portföy yönetim şirketine iletildiği günden bir sonraki iş günü geçerli olan birim pay değeri üzerinden satın alınıp katılımcının hesabına yansıtılır. Fonun birim pay değeri yükseldikçe, katılımcının toplam birikiminin değeri de yükselir.
Katılımcı isterse yılda 6 kez olmak üzere planına dahil olan fonlar arasında değişiklik yapabilir, planında fon seçenekleri tanımlı ise, yılda 4 kez olmak üzere plan değişikliği yaparak farklı emeklilik yatırım fonlarına sahip olabilir. Katılımcı fon değişikliği yapmak isterse, önce var olan fonlarla istenen fonların arasında fark yaratan fonlar satılır; daha sonra alınması gerekenlerin alımı yapılır. Katılımcı emekli olduğunda da hesabındaki tüm emeklilik yatırım fonları satılarak emeklilik birikimi kendisine ödenir.